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南方医科大学南方医院创建于1941年，建院时为新四军第三师后方医院。1950年4月，改编为东北军区后勤部卫生部第二陆军医院。1954年5月，东北军区第二陆军医院改为中国人民解放军第216医院。1975年，医院番号调整为中国人民解放军第一军医大学第一附属医院，经总后勤部批准对外称“南方医院”。1982年，医院随学校从广州石牌迁至新址——广州市东北郊白云山下的麒麟岗。2004年，医院更名为南方医科大学南方医院。2018年12月4日，被国家卫健委公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。2021年，和赣州市立医院结对，组建南方医科大学南方医院赣州医院。2022年3月1日，开通异地就医门诊直接联网结算业务。2023年3月24日，医院脑病研究院揭牌。2024年3月20日，南方医科大学南方医院第三批派驻专家正式进驻南方医院赣州医院（赣州市人民医院）并举行见面会。2025年6月30日，医院赣州医院蓉江院区举行门诊试运营仪式。

截至2025年8月，医院现有院本部和增城院区，拥有国家级重点学科5个、国家级临床重点专科17个，国家临床重点专科建设项目4个。赣州医院一期项目用地面积248亩，建筑面积24.1万平方米，床位数1200张。

南方医院创建于1941年，2004年8月随第一军医大学整体移交广东省，是南方医科大学（原第一军医大学）第一附属医院、第一临床医学院。 2023年3月24日，南方医科大学南方医院脑病研究院揭牌，组建多学科一体化临床协作诊疗平台。2025年9月21日，南方医科大学南方医院正式托管化州市人民医院，启动共建“南方医科大学南方医院（医联体）化州医院”。

医院展开床位2225张，医疗设备总值达14亿元。医院共设置专业学科52个，临床医学一级学科是博士学位授权点和博士后科研流动站，内科学（消化系病）为国家重点学科，外科学（骨外）为国家重点培育学科，消化内科、妇科、产科、骨科、检验医学科、病理科、血液内科、神经外科、口腔科、肾内科、普通外科、肿瘤科、感染内科、整形外科为国家临床重点专科建设项目，拥有31个广东省临床重点专科。拥有器官衰竭防治国家重点实验室和慢性肾病国家临床医学研究中心。医院还在全国率先成立了“健康管理示范基地”、“李可中医药学术流派传承基地”和“古中医疑难杂症治疗中心”。成立了广东省肾脏病研究所、南方消化病研究所。

医院形成了消化病诊治、肾病诊治、肝炎诊治、围产医学、肿瘤综合诊治、创伤救治、显微神经外科和组织器官移植等八大临床优势领域以及干细胞治疗、微创腔镜诊疗、介入诊疗技术和急危重症救治等四大特色医疗技术平台。

医院现有专业技术人员3500多名，其中高级专业技术人员近600名，博士研究生导师93名，硕士生导师125人。担任全国、全省学术机构各专业委员会主委、副主委职务人员近200人次，其中包括中国科学院院士1名、国家“973”计划项目首席科学家1名、国家杰出青年基金获得者2名、“新世纪百千万人才工程”国家级人选3名，卫生部“有突出贡献中青年专家”2名等。

2025年6月，南方医科大学南方医院普通外科在消化道肿瘤精准微创外科治疗领域取得重大突破，普通外科主任胡彦锋教授团队成功为一位28岁女性胃癌患者实施华南地区首例国产单孔机器人远端胃癌D2根治切除术。

2025年8月，南方医院肝胆外科主任医师李川江团队成功为两名肝病患者实施院内首例劈离式肝移植。目前两位患者均已康复出院。

广东省广州市广州大道北1838号

2020年9月8日，该集体获得中共中央、国务院、中央军委授予的“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”的荣誉称号。

2020年11月20日，被中央文明委评为第六届全国文明单位。

2021年3月，南方医科大学南方医院感染内科被评为第七批广东省学雷锋活动示范点。

2022年7月20日，南方医科大学南方医院检验科入选“第七届广东省政府质量奖”提名奖获奖建议（公示）名单。