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1930年代，北京天坛医院的前身原国民党陆军第31后方医院创建。1949年至1953年先后进行4次改名；1956年8月，医院由卫生部交给北京市公共卫生局管辖，更名为北京天坛医院。1970年2月，天坛医院全部迁往甘肃省。同年7月，原天坛医院的留守人员和当时崇文区前门医院的部分人员，在天坛医院原址重新建立了北京市崇文区崇文医院。1982年4月1日，正式恢复北京天坛医院的名称。同月北京市神经外科研究所和神经外科一共75名医护人员从宣武医院迁到天坛医院，组建了神经外科。2018年10月，天坛医院从东城区搬到了丰台区。2020年10月10日，被北京市医保局确定为开通京津冀异地就医普通门（急）诊直接结算业务试点定点医疗机构。2021年12月7日，入选建立健全现代医院管理制度试点医院名单。2024年12月1日，由宁丹新药、先声药业、北京天坛医院合作研发的先必新舌下片获批上市。

1、贯彻执行新时期卫生与健康工作方针，坚持公益性，保障人民群众健康，推动医院各方面事业健康发展。2、为人民群众提供医疗、疾病预防、健康教育等医疗和公共卫生服务。3、承担学校教育、住院医师规范化培训、继续医学教育等毕业后教育，促进医学人才能力和水平的提升。4、开展临床医学和基础医学研究，推动医学科技成果转化。5、开展对外交流和国际合作。6、承担涉外医疗服务和重大活动医疗保障任务，承担突发公共事件的医疗卫生救助。7、根据规划和需求，可与社会力量合作举办新的非营利性医疗机构或在人才、管理、服务、技术、品牌等方面建立协议合作关系。8、与相关医疗机构组成医联体或医共体，推动形成基层首诊、双向转诊、急慢分治、上下联动的分级诊疗模式。9、开展援疆援藏、对口帮扶、送医下乡等健康扶贫工作。10、承担上级党委和政府交办的其他事项。

首都医科大学附属北京天坛医院现有1个院区，编制床位1650张，总建筑面积35万平方米，内设神经外科学中心、神经病学中心、心脏及大血管病中心、肿瘤综合治疗中心、实验诊断中心等一级业务科室47个，党委办公室、院办公室、纪检办公室、医务处、护理部等职能科室26个；首都医科大学附属北京天坛医院事业编制2803人。

2020年10月10日，被北京市医保局确定为第二批开通京津冀异地就医普通门（急）诊直接结算业务试点定点医疗机构。

2021年12月7日，国务院医改领导小组公布新增建立健全现代医院管理制度试点医院名单，该院入选。

2024年12月1日，由宁丹新药、先声药业、北京天坛医院合作研发的先必新舌下片获批上市。

2025年，北京天坛医院“脑胶质瘤前沿创新治疗联合门诊”开诊。

2025年4月25日，首都医科大学附属北京天坛医院与清华大学签署合作备忘录。5月17日，北京天坛医院脑机接口临床与转化病房成立。

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医院编制床位1650张，配有伽马刀、PET/MR、PET/CT、直线加速器、磁共振、DSA、CR及DR成像设备、大型模块式全自动生化分析仪、可分析干细胞的五分类血细胞分析仪、尿沉渣流式分析仪、全自动血凝检测系统、流式细胞仪、全自动免疫检测系统、全自动酶标系统、高效液相色谱、凝胶成像系统、基因芯片仪、悬浮微阵列检测仪、荧光定量实时在线核酸扩增仪、蛋白芯片检测仪、芯片点样仪，细胞培养系统、LogicE9彩超仪、GE-Logic9彩超仪、GE-Vivid7彩超仪、GE-V730彩超仪、Phillips IE33彩超仪、Phillips IU22彩超仪、AlokaF75彩超仪、TOSHIBA Apolio 500彩超仪、 Leica 冰冻切片机、石蜡切片机、 Leica脱水机、 Olympus 系列生物显微镜等医疗设施。

2022年3月，中国神经外科领域的一项新突破，脑机接口柔性电极技术在世界顶级学术期刊《科学》杂志上发表。这项突破是一种脑机接口柔性电极技术，由首都医科大学附属北京天坛医院研发，是提高手术精准度、保护神经功能的关键技术。该技术将仅有2微米大小的电极点组成的新型柔性电极，通过手术放到大脑上，帮助医生更精确“看”到大脑内部神经等，从而最大限度保护大脑功能。

2022年2月11日，入选2022年北京市科普基地拟命名名单。

2022年4月，首都医科大学附属北京天坛医院脑胶质瘤精准诊疗创新团队荣获2022年北京市工人先锋号荣誉称号。

北京市丰台区南四环西路119号。