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医院1998年通过三级甲等评审，2001年随院校合并更现名。2009年外科大楼投入使用后开放床位增至1800张。2020年入选湖南省新冠病毒核酸检测机构，2025年成立省内首家急性髓系白血病规范化诊疗中心。曾获“全国工人先锋号”“湖南省抗击新冠肺炎疫情先进集体”等荣誉。2023年8月，该院呼吸与危重症医学科9名医务人员联名举报科主任孟婕涉嫌医疗过失及管理问题，经湖南省卫健委与中南大学联合调查后认定部分管理问题存在并予以处理。

中南大学湘雅三医院于1989年11月28日奠基，1992年12月8日开诊，作为湘雅系中的后起之秀，湘雅三医院经过30年发展，形成了移植医学、微创医学、健康管理三大特色医疗技术品牌。

截至2019年11月，位居复旦版中国医院排行榜年度进步最快排行榜第7名；全国医院医工结合排行榜第13名；在国家卫生健康委满意度评比中，患者、医务人员双满意度总分排名全国第6位。

2019年11月28日，“2019健康新势力创新发展高峰论坛”在长沙举行之际，中南大学湘雅三医院迎来了30周岁生日。医院以学术活动的形式，庆祝建院30周年。

2020年6月，入选湖南省开展新冠病毒核酸检测的医疗卫生机构名单。

2025年6月，全省首家“急性髓系白血病规范化诊疗中心”在中南大学湘雅三医院授牌。

2025年9月11日，中南大学湘雅三医院心血管内科张志辉教授团队成功完成湖南省首例VARIPULSE脉冲消融导管指导下的房颤消融手术。该技术通过三维电生理标测系统（CARTO 3）与脉冲电场消融（PFA）的深度整合，实现了房颤治疗的精准定位与安全消融，标志着医院房颤治疗正式迈入“三维可视化脉冲消融”时代。

2020年11月30日，中南大学湘雅三医院党委被表彰为“湖南省抗击新冠肺炎疫情先进集体”。

2021年4月27日，中华全国总工会授予其全国工人先锋号。

2021年7月，中南大学湘雅三医院第十二党总支第二离退休党支部被授予“湖南省教育系统先进基层党组织”称号。

何庆南：党委书记

江泓：院长、党委副书记

杨飞龙：党委副书记

张劲强：党委副书记、纪委书记

欧阳文：党委委员、副院长

费云：党委委员、总会计师

朱利勇：党委委员、副院长

左笑丛：党委委员、副院长

曹科：党委委员、副院长

孙传政：副院长

中南大学湘雅三医院，地处长沙市河西国家级高新技术开发区，南望岳麓，东临湘江。