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2013年通过国家三级医院等级评审，2017年成为安徽省首家通过JCI国际认证的公立医院。该院2017年、2020年两度获评全国改善医疗服务最具示范案例，2020年被授予安徽省抗击新冠肺炎疫情先进集体。2023年设立国内首个儿童肥胖专病门诊及中国儿童肥胖全程管理示范中心。在全国三级公立医院绩效考核中连续获得A+等级（2021年全国第87名），2025年获第七届全国文明单位称号。科研领域累计获国家自然科学基金立项66项，6个学科进入全国科技量值百强。

2023年7月8日上午，安医大二附院“中国儿童肥胖全程管理示范中心”“国家卫健委儿童生长发育专项能力提升项目培训基地”暨省内首家“儿童肥胖专病门诊”在安医大二附院揭牌成立。

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2020年12月，被评为安徽省抗击新冠肺炎疫情先进集体。

2020年12月，获评2020年度全国改善医疗服务最具示范案例。

2025年5月23日，被中央宣传思想文化工作领导小组授予第七届全国文明单位称号。

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