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研究院成立于1998年12月，是由中国科学院数学研究所（建于1952年）、应用数学研究所（建于1979年）、系统科学研究所（建于1979年）及计算数学与科学工程计算研究所（建于1995年）等四个研究所整合而成。

据2020年6月研究院官网显示，研究院下设4个研究所，10个国家重点实验室、中国科学院重点实验室、研究中心，13个交叉研究中心；拥有职工307人。

初创基业

1950年6月，开始筹建数学研究所，筹备处设在北京文津街3号。

1951年1月，政务院批文任命华罗庚为即将成立的数学研究所所长。

1952年7月，数学研究所正式成立，所址设在清华园内，确立了纯粹数学与应用数学协同发展的方针。

1953年上半年，数学研究所共有科研人员32人，其中专任研究员5人。

上图依次为：中国科学院数学研究所筹备处副主任华罗庚、1953年数学研究所的专任研究员华罗庚、1953年数学研究所的专任研究员吴文俊、1953年数学研究所的专任副研究员关肇直、1953年8月，华罗庚和数学研究所的研究人员在清华园数学研究所门前漫谈数学问题。

进军科学

1956年，通过中国十二年科学技术发展远景规划的制定，数学研究所在保障数学各重要方向协调发展的同时，重点发展微分方程、概率统计等与国民经济和国防建设关系密切的分支。同时设立了泛函分析、数理逻辑等研究组，以加强相应理论学科的研究。

1957年，从法国归来的熊庆来先生负责建立了函数论研究组。同一时期，与力学和计算机研制有关的研究工作则独立出去，另行组建中国科学院力学研究所和计算技术研究所；同年，临时迁往西苑旅社，

1958年，迁入中关村（现计算技术研究所北楼）。

1961年，按学科建立了研究室，包括"四学科"（数论、代数、几何、拓扑），函数论，微分方程，泛函分析，数理逻辑，理论物理，概率统计，以及由力学、数学两所在钱学森、华罗庚、许国志倡导下从事新兴应用学科运筹学的室组合并而成的运筹学研究室。

1962年，新建了由关肇直、宋健领导的控制理论研究室。稍后又重设了力学研究室。

上图依次为：毛泽东主席与华罗庚先生亲切握手（1958年）。1962年毛泽东主席、刘少奇主席等国家领导人与华罗庚先生在第二届全国人民代表大会第三次会议上。周恩来总理与华罗庚先生（1958年）。冯康等60年代初独立于西方创立的有限元计算方法在国民经济和国防建设的许多部门得到了广泛的应用。杨乐、张广厚及他们在《中国科学》发表的关于函数值分布理论的论文。

1966年，"文革"开始后，研究工作陷入停顿。

1972年，数学研究工作重新开展起来。

历劫鸣盛

1977年，中国科学院成立了以计算数学为主要研究对象的计算中心（1995年改为计算数学与科学工程计算研究所），所址在中关村南四街4号。

1979年底，根据中国科学院决定，部分人员从数学研究所分出成立了系统科学研究所，从事控制理论、运筹管理、统计学、系统工程以及相关数学边缘学科的研究。数学研究所部分研究人员与原中国科学院应用数学推广办公室人员合并，组建成立应用数学研究所。数学研究所则以基础理论研究为主，兼顾应用数学和计算机科学等其他方向。

1991年，所址迁入中关村南四街甲1号。

1998年12月，在中国科学院知识创新工程的推动下，数学研究所、应用数学研究所、系统科学研究所、计算数学与科学工程计算研究所，整合成为数学与系统科学研究院。

上图依次为：数学与系统科学研究院成立大会。杨乐院长陪同李岚清副总理、路甬祥院长视察数学与系统科学研究院。李岚清副总理视察数学与系统科学研究院时，与研究院部分领导合影。全国政协副主席、该院名誉研究员宋健院士在该院做学术报告。

人员编制

据2020年6月研究院官网显示，研究院有职工307人，其中科研人员224人，包括中国科学院院士16人，中国工程院院士1人，第三世界科学院院士6人，国家杰出青年基金获得者44人。

中国科学院院士（专职）：陈翰馥、林群、马志明、陆汝钤、严加安、李邦河、郭雷、席南华、袁亚湘、周向宇、陈志明、张平、田野、戴彧虹

中国工程院院士（专职）：崔俊芝

国家杰出青年基金获得者：郭雷、席南华、袁亚湘、高小山、吉敏、贾朝华、张纪峰、周向宇、李嘉禹、冯琦、张汉勤、陈志明、王友德、孙笑涛、程兵、汪寿阳、王跃飞、巩馥洲、姚鹏飞、张立群、郭宝珠、曹道民、洪奕光、杨晓光、周爱辉、白中治、张平、岳澄波、邹国华、张晓、王启华、黄飞敏、周勇、李洪波、吕金虎、崔贵珍、杨翠红、戴彧虹、付保华、许学军、李竞、明平兵、孙斌勇、孙振东、田野、郑伟英

设施资源

馆藏资源

据2020年6月研究院官网显示，研究院图书馆藏书15万册（期刊按合订本计，若按单册计总数超过25万册），现刊约500种，过刊1400多种，部分期刊可回溯至19世纪30年代。图书馆每年文献资源采购经费约400万。图书馆提供与清华大学图书馆、北京大学图书馆、科学院文献情报中心等合作开展馆际互借服务，与科学院100多个所合作开展原文传递服务。

科研成果

据2020年6月研究院官网显示，研究院历年来获得科技重要奖励500余项，包括首届国家最高科学技术奖，5项国家自然科学奖一等奖，1项国家科技进步特等奖，1项邵逸夫数学奖，29项国家自然科学奖二等奖，以及50余项国际学术奖励和荣誉。

国家自然科学奖一等奖：华罗庚“典型域上的多元复变数函数论”、吴文俊“示性类与示嵌类的研究”、陈景润和王元等“哥德巴赫猜想研究”、冯康“哈密尔顿系统的辛几何算法”

注：名单不全

学术期刊

《数学学报》主要刊登纯粹数学和应用数学方面具有独创性的优秀成果性论文，例如代数，数论，分析，偏微分方程，几何，概率论等。该刊为中国国内各核心期刊评选机构所评选的核心期刊，收录该刊的中国国内外检索机构包括：中国国内各大数据库，美国数学会《数学评论》，俄罗斯《数学文摘》，英国《科学文摘》及德国《数学文摘》等。

《应用数学学报》主要刊登国际、中国国内应用数学及相关领域有关理论、方法或应用方面的研究论文，注重论文的创新性及学术水平。《中国科学引文索引》将该刊作为数据库来源期刊，《中国数学文摘》、《中国学术期刊文摘》和《中国科学技术期刊文摘数据库》（CSTA）等都、为该刊作文摘索引。美国数学会的《数学评论》（MR）、俄罗斯的《数学文摘》、英国的《科学文摘》（SA）及德国的《数学文摘》等为该刊作文摘。

《系统科学与数学》是中国国内核心期刊之一，主要刊登系统科学以及与系统科学有关的数学、交叉科学、工程应用等方面在理论和方法上具有创造性的学术论文，创造性地解决实际问题的科学技术报告，以及重要学术动态的报道。2000年获得中国科学院优秀期刊三等奖。

《计算数学》主要刊登中国国内外科研人员在计算数学基础理论、方法和科学计算研究方面所取得的具有创造性和重大学术意义的科研成果论文。

《数值计算与计算机应用》主要刊登应用计算机解决各种科学和工程问题的数学模型、计算方法、软件技术和重大数值模拟实践等方面所取得的创造性成果和研究报告。

《系统工程理论与实践》主要刊登系统工程在工业、农业、军事、教育、科研、经济与金融、及信息管理等领域中 的重要应用成果, 解决实际问题的具有重要意义的创造性的优秀理论成果；介绍中国国内外重大研究进展和人 物等的动态报道和综述文章，以及优秀书刊评介等。该刊连续多次被评为“百种中国 杰出学术期刊”。是EI Compendex数据库收录期刊。被国家自然科学基金委员会认定为管理科学重要期刊、全国中文核心期刊，入编《中国学术期 刊文摘》、《中国学术期刊（光盘版）》、（台湾）华艺数位艺术股份有限公司《中文电子期刊服务》。

《应用泛函分析学报》主要刊登两方面的内容：一是泛函分析的基础理论，如集合论、测度与积分、点集拓扑、拓扑向量空间、度量空间及对偶理论、广义函数、Banach空间及其几何理论、算子理论、算子代数、抽象调和分析、K理论等的最新科研学术成果；二是分析数学基础理论在国民经济、国防科技和现代科学技术等各领域中的相关应用。该刊已被中国知网数据库收录。

《数学译林》选题内容有综合报告、专题介绍、数学史、数学小品、人物传记、数学教育以及其他等方面。

《数学的实践与认识》主要刊登数学的最新的理论成果，及其在工业、农业、环境保护、军事、教育、科研、经济、金融、管理、决策等工程技术、自然科学和社会科学中的应用成果、方法和经验。主要栏目有数学建模、管理科学、工程、应用、信息科学、问题研究、知识与进展、数学园地、数学史等栏目。

《控制理论与应用》主要报道系统控制科学中具有新观念、新思想的理论研究成果及其在各个领域中,特别是高科技领域中的应用研究成果和在国民经济有关领域技术开发、技术改造中的应用成果；设置的栏目主要有:综述与评论，长论文，论文， 短文，书刊评介，读者来信，国内外学术活动信息等。

《系统与控制纵横》主要刊登系统科学与控制科学领域知识性、趣味性、普及性的文章。主要栏目包括科学人物、学人风采、学科史林、漫谈系统控制、逸闻趣事、博文撷英、奇思异想、软硬兼施（介绍软硬件）、教学交流、应用范例、专家论丛、精彩书评、难题征解、读者来信等。

形象标识

院徽

数学与系统科学研究院院徽是中国古代数学中勾股定理的一个几何证明。图案为一正方形，内含四个矩形，代表着数学与系统科学研究院由四个研究所组成，也象征着研究院总体发展的四大战略任务。

精神文化

理念

数系天地，勤笃求真

“数系天地，勤笃求真”是数学与系统科学研究院的理念。数学与系统科学来源于自然和实践，同时又服务于自然科学与社会实践，“自然界的奥秘是用数学语言写成的”，数学是理解天地间万物的工具和基础。勤奋、踏实、执著是治学者所应具备的最基本的品质。作为数学与系统科学研究工作者，应当勤思笃行，具有只争朝夕、脚踏实地、甘于寂寞、坚持不懈的工作作风。为了探索和追求科学真理，应当具有敢于挑战困难、敢为天下先的自信心；具有不怕失败、不怕非议、不怕磨难的科学精神；具有理论“顶天”、应用“立地”的奋斗目标。

2022年5月，入选2022年度科学家精神教育基地认定名单。