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该院以“四个面向”为框架对接中央、地方、国际及国防领域的科研需求，通过“三个转变”服务模式强化全流程支持。近年来，科研院推动实施《清华大学2030创新行动计划》，布局重大科学问题攻关，设立“笃实专项”支持青年教师基础研究，协调校内外经费投入机制，并参与国家实验室建设及全国重点实验室重组。2024年，科研院组织评选并发布了该校年度十大亮点成果，涵盖天基网络、类脑芯片等领域。

以项目申请为龙头，科研院按照“四个面向”，即面向中央、面向地方（包括企业）、面向海外、面向国防，设立了科研项目、科技开发、海外合作、军工等四个部门，分别负责中央部委、地方政府和企业、涉外合作和国防的科研项目。同时，科研院加强了科研机构的管理，设立了机构管理办公室，着重于争取国家和社会资源，促进学科的交叉，建设高水平研究基地；加强成果与知识产权管理，成立了成果与知识产权管理办公室，对成果的申报及推广、知识产权的宣传教育和维护等实行统一管理；加强了校学术委员会办公室的建设。

科研院在科研管理和服务上实现了“三个转变”，即“变被动服务为主动服务”，主动帮教师到部委、企业去争取项目和推介科技成果；“变二线服务为一线服务”，主动到院系和科研组介绍项目指南，培训专利知识，协调项目执行和合作中存在的困难与问题等；“变局部服务为全程服务”，帮助教师从争取立项到项目验收鉴定会、申报专利和奖励等、甚至后续的产业化的全过程服务。科研院提出要做好“三个服务”，即：“为师生的科研活动服务”，“为学校的管理服务”，“为社会发展服务”。

50多年来，清华大学科研管理为学校的科研发展做出了重要贡献，已经成为清华科研工作的重要组成部分。