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该院历经多次机构调整，包括2012年划转经管人文科研管理职能，2016年撤销工业技术研究院并增设产业技术研究院和国防技术研究院，2017年并入文科建设办公室，2018年将基础与交叉科学研究院更名为交叉科学研究中心并划归科工院。现管理黑龙江省工业技术研究院，联系国家大学科技园及大科学工程专项建设指挥部，承担国家重点研发计划项目申报、科技成果转化等工作，2024年其郑州研究院入选郑州市首批概念验证中心建设试点，推动机器人、新能源等领域技术成果转化。

哈尔滨工业大学科学与工业技术研究院成立于2008年3月，下设4个部门：科学技术研究院、工业技术研究院、基础与交叉科学研究院、科研生产管理中心。地址位于哈尔滨市南岗区一匡街2号哈工大科学园。

哈尔滨工业大学科学与工业技术研究院成立于2008年3月，由原科学技术处、科学技术研究院及工业技术研究院整合重组而成。2012年5月，成立经济管理与人文社会科学研究院，科工院相关经管人文科研管理职能划转到经管人文研究院。2016年7月，撤销工业技术研究院，机构设置调整为科学技术研究院、产业技术研究院、国防技术研究院和科研生产管理中心。2017年11月，经管人文研究院更名为文科建设办公室并入科工院，同时国家大学科技园由科工院转隶资产投资经营有限公司。2018年12月，产业技术研究院整建制划入资产投资经营有限责任公司，基础与交叉科学研究院划归科工院并更名为交叉科学研究中心。

科工院主要负责统筹学校“一校三区”科学技术研究和科技创新能力建设的组织协调、综合规划、政策制定、管理服务工作。主要包括国家科技计划项目、国防科研、国际科技合作与交流、科技创新平台与基地建设、成果与知识产权、技术成果转化、科研条件保障与信息化建设。管理运营黑龙江省工业技术研究院、联系国家大学科技园、大科学工程专项建设指挥部。地址位于哈尔滨市南岗区一匡街2号哈工大科学园2H栋5楼。

面向总装备部、各军兵种、国防科工委、军工各集团及研究院所、军工企业，国家自然科学基金委、教育部及学术交流、国际合作。

装备科研部：总装备部所有计划项目、总参谋部及各军兵种计划项目及其横向协作项目

军工基础与协作部：国防基础科研计划项目、各军工集团横向协作项目、国防科技各层次实验室、应用研究中心、研保与技术改造投资项目等。

基础研究部：国家自然科学基金、省市各类基金、国家各类科技人才基金项目，国际科技合作与学术交流，理科、文科建设。

2001年至2012年，哈尔滨工业大学累计申请专利8000余项，授权专利4000余项。2012年申请专利1373件，其中发明专利申请1352件；授权专利852件，其中授权发明专利828件。学院通过课程教育、岗位培训开展知识产权宣传培训，制定《哈尔滨工业大学知识产权保护管理规定》等规章制度。设立专利基金、奖励政策等激励机制，并将知识产权纳入考核指标。专利实施案例包括单旋翼涵道式特种航空飞行器、博实公司码垛包装机器人和试验三号卫星。

2025年4月，哈尔滨工业大学科学与工业技术研究院基础创新处处长崔扬在国家重点研发计划“海洋农业与淡水渔业科技创新”重点专项项目启动会上致辞，指出该项目是学校环境学科牵头的首个农村领域的重大研发项目，对推动交叉学科发展具有重要意义。

面向科技部、教育部、发改委等中央各部委及中央企业，地方政府（各省、市）和各类企业民品科研及国家级基地建设与管理。

民品科研部：面向科技部、教育部、发改委、信息产业部、交通部等国家各部委及中央企业的纵向民品科研。

科技开发部：面向地方政府（各省、市）和各类企业，涉及科技项目、联合机构、参展活动；成果孵化、技术转移，按企业化运作的科研项目管理。

平台与基地建设部：依托学校建设的国家级、省部级重点实验室、工程实验室及工程中心，校级科研机构以及与校外单位的联合机构的立项、建设、评估、审批和管理。

直属单位的综合管理，包括理学研究中心、微纳米技术研究中心、高超声速技术中心等基础、新兴和交叉科学研究的孵化 与培育，人力资源管理与研究生管理、研究生培养，科学园物业管理。

科研项目的公共管理，包括科学与工业技术研究院办公室职能、重大标志性项目、批产等效益化项目的管理等，下设综合 办公室和三个专项办公室：项目管理办公室、成果与知识产权管理办公室、质量 与认证中心。