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研究院起源于1998年《云南省与南开大学全面合作备忘录》的签署，2003年12月22日正式揭牌，首任院长为陈永川。累计承担湄公河流域开发战略等20余项科研项目，开设国际经济与贸易、医院管理等硕士课程。

为了建立南开大学与云南省的长期稳定的合作关系，南开大学2001年就在云南省设立机构向云南省人民政府提出申请。2002年经云南省人民政府批准南开在昆明设立“南开大学云南研究院”，并在云南省事业单位登记办公室注册。

2003年12月22日，南开大学云南研究院揭牌仪式在昆明举行，具体在云南大学。

南开大学云南研究院的宗旨是：成为南开大学与云南省及西部地区的桥梁，将南开大学的智力资源服务于西部地区经济与社会发展，积极参与西部地区经济与社会发展建设。研究院已同云南、四川、贵州、广西、重庆等省、市、自治区的有关部门建立了广泛的科研和教育合作关系。在自然科学方面，在有色金属开发、银杏叶资源提取、天然香料、农药、光学仪器、微生物等领域发挥了卓有成效的作用，承担了湄公河流域开发战略、昆百大产业扩张战略、云南省现代物流政策研究、云南省公路企业改制模式等一系列课题，目前已完成科研项目20多项。

为了加强省院省校合作，促进西部地区经济社会进一步发展，1998年南开大学与云南省签署了《云南省与南开大学全面合作备忘录》。几年来，在备忘录的框架下，双方开展了多种项目合作，并取得了显著的效果。

我院发挥南开大学社会科学领域的强大优势参加了由国家科技部、挪威FAFO社会科学研究所主持的“中国西部省份社会与经济发展监测研究”，并在该研究中负责西南地区的入户调查、“云南省湄公河流域开发战略”、“云南省现代物流政策研究”等一系列课题。该院目前已完成科研项目20多项。此外，研究院在科技领域拥有多项专利和著作权，涉及近红外光谱检测等领域。此外，我院还承担了云南省省校合作人才培训计划，完成了“云南冶金集团中层干部”、 “云南省投资开发有限公司”、“云南省农垦集团有限公司”、“中国民航云南省管理局”等培训项目。

在高层次人才培养方面，该研究院针对云南省开设了“国际经济与贸易”专业和“医院管理”专业硕士研究生学位培养项目，以及“企业管理”专业、“金融（保险）”专业研究生课程班培训。

南开大学云南研究院设有研究部、培训部、外联部、资料室和办公室等机构。

南开大学云南研究院院长为陈永川（兼）南开大学副校长、教授、博士生导师，副院长包括钟元俊（常务）和王迎军（兼）教授、博士生导师，法定代表人为白承铭。

南开大学云南研究院目前设有研究部、培训部、项目部、电脑室、办公室等机构。展望未来，我们将秉承“允公允能、日新月异”的校训。发扬西南联大的光荣传统，为西部地区社会经济发展做出不懈的努力。

南开大学云南研究院曾位于昆明市翠湖北路2号云南大学，现址为昆明市五华区一二一大街298号云南师范大学田家炳楼6楼。研究院注册资本为100万，统一社会信用代码为125300007482808151，登记状态正常，有效期为2025年2月6日至2030年2月5日。

2015年，南开大学云南研究院参与第二届南开云南论坛暨2015南开云南校友会年会，活动期间举办了小型公益拍卖会，研究院及热心校友冷波、汪永成、陈国波捐赠了拍卖品，拍卖所得赠予南开云南校友会，用于2017年南开全球校友会会长论坛及开展社会公益活动。